La  vegetación natural que aparece en la Región de Murcia es la siguiente:

• Matorrales: aparece el matorral noble, con especies como Pistacia, Quercus, Rhamnus, Chamaerops, Arbutus, etc., y el característico de etapas regresivas como el romeral, espartizal, tomillar, etc. Hay que mencionar la presencia de un gradiente atemperamiento-continentalidad, desde la costa hasta las sierras interiores, dirección sudeste-noroeste, con un aumento de la superficie arbolada, que implica diversidad de los sistemas forestales.
• Formaciones arbóreas: con especies frugales, como los pinos, sabinares y quercíneas xerófilas. Los montes arbolados están formados fundamentalmente por coníferas. Los bosques de frondosas están compuestos, en su mayoría, por quercíneas, aunque también aparecen en mezclas con otras frondosas y con resinosas. Las zonas de media montaña y piedemonte en el centro, noroeste y nordeste de la Región, incluyen quercíneas, aunque estas áreas presentan una gran alteración.

La vegetación que se encuentra en las comarcas de la Región de Murcia es la siguiente:

• Comarca del Altiplano (Jumilla y Yecla): con anchos valles atravesados por una red de ramblas, flanqueados por escarpadas montañas. En las solanas y pedregales aparecen espartizales o matorrales-espartizales. Pueden aparecen algunos pinos carrascos. En las umbrías, los pinos carrascos aparecen en mayor proporción. En la sierra de Salinas y del Carche aparecen masas de pinares junto con algunos quejigos. En esta última sierra está presente uno de los encinares mejor conservados de la Región de Murcia. En la rambla de Tobarrillas destaca la Olmeda; en la sierra Larga, se encuentran unas formaciones amplias de pinares, y en la sierra del Serral y el Monte de Santa Ana, aparecen zonas óptimas para el lentisco. Los terrenos agrícolas están destinados a viñedos, almendros y cereales.
• Comarca Centro-Oeste: parte occidental de Lorca y Puerto Lumbreras, presenta amplias zonas con cultivos de secano y pastizales, matorrales y espartizales, con algunos pinares en las sierras del Gigante y del Almirez; los cultivos de regadío aparecen en la vega del río Guadalentín.
• En la zona oriental (Cartagena, La Unión, Mazarrón), predominan los ecosistemas acuáticos: humedales, lagunas salobres, saladares y salinas, con especies como Limonium, Caralluma, Periploca, Maytenus, y Chamaerops, así como el endemismo Tetraclinis articulata. En el Parque Regional de Calblanque, Monte de las Cenizas y Peña del Águila hay que mencionar los pinares del Monte de las Cenizas, así como los acebuches.
• Comarca Centro-Este: destaca el palmito en Ricote, Ojós y Blanca; el brezo en la sierra del Cantón; el taray en la rambla del Ajauque; vegetación rupícola en el cañón de Almadenes. En la sierra de la Pila destacan pinares, sabinares y carrascales con endemismos como Anagallis tenella. En la sierra de Ricote aparecen formaciones de chaparrales con lentisco y espino negro. En la sierra de Carrascoy aparece el encinar mediterráneo húmedo mejor conservado de Murcia. En el Majal Blanco aparecen algunos alcornoques, y hacia la sierra de la Cresta del Gallo hay amplias zonas con pinares, palmito, lentisco, esparto, tomillo y romero. En las ramblas se pueden apreciar el mirto, adelfa, carrizo, almez y olmo, así como matorral alto de coscoja y lentisco, matorrales bajo de escobilla y ajenjo en las partes bajas.
• Comarca Centro: hay que mencionar la presencia de quejigos y carrascales en la sierra de Pedro Ponce-Cambrón, junto a pinares con lentisco y coscoja. En Totana aparece el palmito. En sierra Espuña se pueden ver rodales con quejigo, sabina mora, arce y madroño, con Caralluma europaea en las partes bajas y orquídeas en las partes altas.
• Comarca Noroeste: presenta amplios carrascales y pinares de pino carrasco, junto con sabinares y pinares de pino laricio en la sierra de la Muela, y quejigo en la sierra de Revolcadores y el Nevazo. Caralluma munbyana puede encontrarse en la sierra de Pajares, la sabina mora en las sierras de Revolcadores, Mojantes, Gavilán y la Muela, y Sarcocapnus baetica en sierra de la Muela, Pliego y Benizar. En las proximidades de Los Odres, Cañada de la Cruz y el Puntal de la Cabacha existen amplios encinares.
• Comarca del Mar Menor: con ecosistemas acuáticos fundamentalmente, aparece Maytenus senegalensis, Periploca angustifolia en zonas costeras, y Caralluma europaea en San Javier.

En cuanto a los pisos bioclimáticos que existen en la Región de Murcial, definidos como cada uno de los tipos o grupos de medios que se suceden en una zonación  altitudinal o latitudinal y delimitados en función de los factores climáticos y de las comunidades vegetales cambiantes, son los siguientes:

Oromediterráneo

Aparece en las montañas más elevadas de la península Ibérica. Los ecosistemas maduros son ya casi forestales, excepto en las zonas donde existe influencia oceánica. El estrato arbóreo no es muy denso y está formado fundamentalmente por coníferas. El estrato arbustivo, en cambio, presenta gran densidad, y está formado por sabinas, piornos y enebros.

Supramediterráneo

Está distribuido por toda la península Ibérica. Los ecosistemas maduros son forestales, formados por sabinares, encinares, quejigares, hayedos etc. En la Región de Murcia se encuentran tanto sabinares albares como encinares (alsinares y carrascales).

Mesomediterráneo

Está ampliamente representado en toda la Península, encontrándose en la Región de Murcia, tanto encinares como coscojares.

Termomediterráneo

Aparece en zonas costeras, aunque en algunas provincias, como en Murcia, aparece en zonas alejadas del litoral. En el territorio de Murcia aparecen los lentiscares y espinales murciano-almerienses.